蛋白质组学可以全面系统地检测不同生物样本中蛋白质的相对表达丰度。在医学领域，蛋白质组学技术可以为疾病的发生发展机制、标志物筛选等提供数据基础。在基础生物学与农学领域，蛋白质组学技术可以系统揭示动植物的生长发育、逆境胁迫等生理活动机制，也可以为分子育种，病原体与宿主互作，抗虫抗病等提供理论依据。